Geboren in Dresden, lernte Sebastian Ott zunächst Blockflöte und Klavier bevor er am Sächsischen Musikgymnasium zum Fagott wechselte. Er studierte bei Prof. Alfred Rinderspacher und Georg Klütsch in Mannheim bzw. Köln und schloss an das Diplom noch ein Meisterklassenstudium bei Prof. Karsten Nagel in Augsburg an. Während seines Studiums war er Mitglied im Schleswig-Holstein Musikfestivalorchester und im Jugendorchester der Europäischen Union.

Nach Anstellungen bei Orchestern in Rostock, Freiburg, Karlsruhe und Ulm ist er seit 2006 Solofagottist am Landestheater Detmold und ergänzt seine künstlerische Tätigkeit durch gelegentliche Auftritte als Solist und regelmäßige Arbeit als Kammermusiker.

Sebastian Ott war als Juror bei "Jugend Musiziert", ist als Holzbläserdozent bei regionalen Jugendorchestern tätig und hatte zwischen 2005 - 2015 Lehraufträge an den Musikhochschulen in Augsburg und Detmold.